La chiesa fu costruita tra il 1486 e il 1493 per volere di padre Bernardino Caimi, un frate francescano che guidava la comunità locale. Inizialmente, in quel luogo esisteva una piccola cappella, sostituita poi da una struttura più ampia in stile tardo gotico. La chiesa fu edificata contemporaneamente al complesso del Sacro Monte di Varallo, che il frate aveva realizzato per dare un'alternativa al pellegrinaggio in Terra Santa reso difficile dalle condizioni storiche.
La chiesa mantiene le caratteristiche architettoniche delle chiese conventuali francescane, con un tramezzo che separava lo spazio riservato ai frati da quello aperto ai fedeli. Il tramezzo ha le sue radici nell'architettura medievale. Dopo il Concilio di Trento (1545-1563), molti tramezzi furono rimossi per favorire una maggiore partecipazione dei fedeli alla liturgia e per allinearsi alle nuove direttive ecclesiastiche.
Gaudenzio Ferrari, nato a Valduggia, fra il 1475 e il 1480, è considerato uno degli esponenti più importanti dell'arte italiana del XVI secolo. Noto per aver combinato elementi dell'arte rinascimentale italiana con influenze locali, creando uno stile originale. Tra le sue opere più famose ci sono la Parete Gaudenziana, Storie della Vita e Passione di Cristo (1507-1513); il polittico di Sant'Anna (1508), ora diviso tra la Galleria Sabauda di Torino e la National Gallery di Londra; alcune opere nel Sacro Monte di Varallo. Gaudenzio Ferrari ha introdotto novità compositive che hanno caratterizzato l'arte rinascimentale, aprendo la Valsesia e il Piemonte Orientale a queste innovazioni. Le sue opere hanno mostrato un approccio più moderno e rivoluzionario rispetto alla tradizione medievale precedente. Ha combinato influenze diverse, come quelle di Leonardo da Vinci, Bramante, Perugino e Raffaello, creando uno stile personale. Grazie alle sue opere, la Valsesia si è aperta alle innovazioni del Rinascimento, abbandonando la tradizione medievale.
LA PARETE GAUDENZIANA
In questa chiesa si cela un tesoro, la parete gaudenziana, che racconta la vita di Gesù a partire dalla profezia di Isaia. In chiesa trovi altri dipinti, ma l'occhio è catturato dalla parete. E' bello anche osservare le altre persone che l'ammirano, è una parete viva che ispira preghiera. Alcuni tondi ci dicono che l'ha dipinta Gaudenzio Ferrari a spese del popolo di Varallo. All'asterno, una statua lo ricorda a perenne memoria.